一个 Basic client-server edition 版本的 TiddlyWiki 的目录结构大概是这样子的：

├─ tiddlywiki.info
└─ tiddlers
    ├─ a.tid
    └─ b.tid

其中 tiddlers 文件夹存储了各个 tiddler、插件文件、主题文件等内容，整个 Wiki 的全部组件、内容都以纯文本形式存储在这里。TiddlyWiki 并不会在意 tiddlers 文件夹里面的目录结构是怎样的，它只会关心每一个文件的元信息（比如文件头部的属性，type, title 等），然后将它载入进来。所以你可以在 tiddlers 文件夹里面按自己方便管理的方式来随意组织目录结构。

不建议把 PDF 也变成一个 tiddler，因为 PDF 最终会以 Data URIs 的形式出现在 TiddlyWiki Web 端上，但是 PDF 体积过大(?)，可能会使浏览器不渲染它。同理其他体积较大的资源文件也类似，尽量不要以 tiddler 形式存储进来，会造成生成的 HTML 里面嵌入太多数据而过大。最佳的实践是只放图片进来。